灵活就业人员医保账户金额减少可能有以下几个原因：
缴费档次选择
如果选择的是医保低缴费档次，缴费比例大约为4%，通常不会有医保个人账户的返款。
医保生效时间
灵活就业人员缴纳职工医疗保险后，可能需要六个月才能生效，生效后才会开始往个人社保卡里返钱。
地方政策差异
各地医保政策不同，可能会根据年龄或其他条件调整个人账户的划入比例。
缴费费率调整
如广东发布的通知中提到，灵活就业人员职工医保缴费费率降低，但个人缴费金额可能未相应减少，导致实际划入个人账户的金额减少。
医保政策变动
部分地区医保政策变动可能导致灵活就业人员每月返还到个人账户的金额减少，例如从260元降至66元。
个人负担增加
灵活就业人员需要从个人账户中支付职工大病保险和长期护理保险等额外费用，如果个人账户余额不足，可能会出现负数情况。
门诊共济政策
门诊共济政策可能导致划入个人账户的金额减少，以支持更广泛的医疗需求。
了解具体原因需要查看当地最新的医保政策或咨询当地医疗保险管理机构
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